实施MES后，企业的日常生产运营将基于在MES构建的信息平台上，MES系统的集成、高效的性能将给企业带来无限的发展前景。然而MES系统的实施给企业管理者和员工带来的思维上全新的挑战，给企业的运营模式将带来深远的影响。具体表现在：
1.更好的维护企业信息基本单元的唯一性、标准性、及时性
MES系统运营的基础是企业信息基本单元如物料、客户、供应商、价格等基础信息的管理。保证基本信息采集的准确性、系统设立的唯一性、信息标准化及这些基本信息及时在系统中的创建，将是决定企业业务运营、决策是否可以信赖MES系统至关重要的因素，是MES成功运用的前提条件。
2.使企业的业务执行将变得流程化、规范化、系统化
好的MES系统会将过去模糊、随意、不规范的管理进行量化、标准化、规范化，并会尽全力摒弃在企业运营执行过程中人为因素的干扰。一旦一个流程按照事先议定的规则设定好后，企业要有决心排除最初的不习惯、抵触心理，将之贯彻到底，使系统成为企业不规范运作/操作的制约者和监督者。对任何不规范操作的纵容将逐渐蚀化掉，企业要有借助信息化系统提高企业管理水平的雄心，并按照系统的观念根据各种业务流程清晰、明确定义每个工作岗位的职责和操作守则。
3.使各个业务部门的合作变得更加紧密
企业的各个部门/流程上的各个环节是企业物流、资金流、人流、信息流环环相扣、密不可分的各个节点。MES系统的紧密集成性将使得各个业务部门的业务连接更加紧密，信息的共享和流程上协作将改变以往的工作习惯。所以要求每个岗位上的员工要有全局的观念，明确自己的岗位在整个生产链条中的角色。
4.为企业管理思想带来新的体质创新
MES系统能够帮助企业建立一种新的管理体制，其特点在于能实现企业内部的相互监督和相互促进，并保证每个员工都自觉发挥最大的潜能去工作，使每个员工的报酬与他的劳动成果紧密相连，管理层也不会出现**现象。MES带给企业的先进管理思想和手段，它所改变的不仅仅是某个人的个人行为或表层上的一个组织动作，而是从思想上去剔除管理者的旧观念，注入新观念。
5.信息化系统的建设和维护将是一项全员的、长期的、艰巨的任务
MES系统的成功上线仅仅意味着企业信息化建设工作的开始。要想使用好这个系统，需要信息系统人员、各个操作员高度的责任感。对于使用系统过程中出现的每一个错误操作、每一个错误的数据都不能轻易地放过。完善的错误报告制度和问题解决机制、业务数据的定期对帐制度，将使系统得以正常运营、提供准确、可信赖的商业数据的根本保证。系统维护人员对系统的定期审计、维护清理、性能调控也是不可缺少的环节。
6.企业管理者的期望值将推动企业信息化系统的不断发展
不断挖掘系统现有的潜力、新功能及新模块的采纳、与其他系统的集成与协作将使得MES系统发挥更大的潜力。