MES系统在工厂中数据流模型，ERP等系统需随时注意产品库存量、客户订单状况与材料需求，然后将这些信息传送至MES系统，由执行系统进行生产或安排库存以满足客户订单需求。对MES系统而言，这一层就是生产的计划层。中间部分为MES系统，负责完成产品制造工作，产品的规格、型号、参数等相关资料储存于此系统中，MES系统将此产品相关资料转化为作业程序提供给控制系统之作业人员或机器设备来使用。
当作业程序、相关流程、文件及其它相关生产需求项目就绪，控制系统便运用所有工厂内相关资源(软、硬件及人员)负责完成生产制造过程以达成产品生产目标。在这一时期，大量的研究机构、政府组织也参与了MES的标准化工作，进行相关标准、模型的研究和开发，其中涉及分布对象技术、集成技术、平台技术、流程工业可视化MES若干问题研究互操作技术和即插即用等技术。
MES系统，无论从功能模型还是信息模型以及相关技术上，都覆盖了流程生产行业和离散制造行业，但是在MES需求、应用环境等方面两者都有较大的差异。相应的，流程工业MES系统具有以下特点：
(1)连续工业生产过程往往伴随着十分苛刻的生产环境或条件，生产过程包含复杂的物理、化学过程及各种突变和不确定因素。对应急处理和例外处理的动态响应要求苛刻。
(2)流程工业CIMS不仅要继承信息流和物料流，还包括能源供应流。因此，流程CIMS中MES的调度决策功能需要对物料和能量提供最佳控制策略，决策不仅以提高生产效率和降低生产成本为目标，还应将节省能源、减少污染等目标考虑在内。
(3)流程工业中MES的决策具有混杂性，不仅包括连续过程变量，而且包括离散过程变量。为了对生产过程及产品质量提供控制，必须建立反映连续过程主要物理、化学变化过程的过程模拟模型，并将过程模型与优化模型结合起来。
(4)原料在制品、产品之间的标识不一一对应，化学性能、物理性能的变化，要求产品属性动态配置。
(5)生产单元少，但生产单元本身可变因素多，如原料成分、温度的波动，制造流程中各生产单元的输出的质量随机改变，生产时间的不确定。
(6)一般没有替换路径，而且由于生产过程的中间产品或在制品呈高温状态，前后生产相互影响。